Cambiar permisos recursivamente solo a directorios (permisos 755):

find . -type d -exec chmod -R 0755 {} \;

Cambiar permisos recursivamente solo a archivos (permisos 644):

find . -type f -exec chmod -R 0644 {} \;

El punto (.) puede ser cambiado por alguna ruta absoluta, por ejemplo /home/USUARIO/MIDIRECTORIO/.

Fuente: http://code.davidvega.net/2013/linux-cambiar-permisos-solo-a-directorios-o-a-archivos/